Välivarastointi on tärkeä lenkki tärkkelysperunan tuotantoketjussa. Välivarastoon nostetaan kuivalla säällä luontaisesti mahdollisimman pitkälle tuleentunutta, tervettä ja ehyttä tärkkelysperunaa.
Tärkkelysperunan nostot välivarastoon kannattaa keskittää syyskuun toiselle puoliskolle. Tuolloin myöhäisemmätkin tärkkelysperunakasvustot alkavat olla kohtuullisen tuleentuneita, mutta sääolot eivät vielä ole varastoitavan perunan nostolle liian hankalia.
Välivarastossa tärkeintä on suojata peruna kylmältä. Perunan lämpötila ei saisi laskea alle +4 asteen, koska tärkkelystä sokereiksi hajottava kylmämakeutuminen kiihtyy silloin. Missään tapauksessa perunat eivät saa jäätyä, sillä sulanut peruna pilaantuu nopeasti. Konesuojiin ja latoihin perustetuissa välivarastoissa on perunan päällystän lämpöeristyksen ohella tärkeää huolehtia myös riittävästä seinämien suojaamisesta.
Toisaalta välivaraston tuuletus ylimääräisen lämmön poistamiseksi on yhtä tärkeä kuin pakkaselta suojaaminen, sillä tärkkelysperuna-aumoissa lämpötilan äärivaihtelut ovat yhtä haitallisia kuin varsinaisissa perunavarastoissakin. Lämpiminä, aurinkoisina päivinä kate ja mahdolliset lämmöneristeet avataan ainakin osasta aumaa perunoiden tuulettamiseksi. Jos yöksi on luvattu kylmää, peitteet suljetaan auman suojaamiseksi.
Sekä kiinteät että väliaikaiset tärkkelysperunan välivarastot perustetaan sellaisiin paikkoihin, että kuormaus ja kuljetus tehtaalle onnistuu vaikeuksitta myös huonojen kelien aikana. Kiinteissä välivarastoissa seinärakenteiden lämpöeristykseen käytetään esimerkiksi styroksia. Vuosittain koottavien tilapäisten aumojen seinät voidaan rakentaa olkipaaleista. Katteina käytetään lämpöpressua tai myös esimerkiksi perunasta verkolla eristettyä turvetta tai olkea, pelkästään tärkkelysperunan varastointiin rakennetuissa kiinteissä välivarastoissa myös erityisiä siirrettäviä ja lämpöeristettyjä kate-elementtejä.
Yksityiskohtaisempaa tietoa tärkkelysperunan välivaraston mitoituksesta, sijoittamisesta ja muista varastointiperiaatteista on esimerkiksi Tärkkinetissä Tärkkelysperunan välivarastointioppaassa.