Alkukuivaus
Perunan pinnassa on aina noston jälkeen kosteutta. Pinnaltaan kostea peruna on otollinen kasvupaikka sieni- ja bakteeritaudeille. Pahimpia ovat rutto, harmaahilse, tyvi- ja märkämätä sekä phoma ja fusarium -kuivamädät.
Erityisesti sateisena syksynä on tärkeää, että sato alkukuivataan voimakkaalla puhalluksella heti noston jälkeisenä yönä ennen siirtoa varastoon. Tavallisessa varastossa kuivaus ei ole riittävän nopeaa, vaan peruna kuivataan erillisellä tehokkaalla puhaltimella laatikoissa tai perävaunussa. Alkukuivauksella varastotappioita pystyy alentamaan jopa 10–20 %.
Märällä kelillä nostettaessa perunan ohella laatikoihin tulee myös runsaasti multaa. Erittäin multaiset laatikolliset kannattaa alkukuivatuksen jälkeen lajitella kevyesti liian mullan poistamiseksi. Näin varmistetaan osaltaan perunan säilyminen varastossa hyvälaatuisena.
Lämpökäsittely
Alkukuivauksen jälkeen peruna siirretään puolilämpimään varastoon parantelemaan kuoriutumia ja haavoja. Lämpökäsittelyssä nostossa ja sadon varastoon siirrossa syntyneet perunan vioittumat saavat pinnalleen maltoa suojaavan uuden korkkikerroksen. Korkkeutumisen käynnistämiseksi varaston lämpötila on neljän ensimmäisen päivän aikana vähintään +10 °C. Lämpökäsittelyn kokonaispituus on 2–3 viikkoa, tavoitelämpötila +12–15 °C ja tuuletus melko niukka, mutta kuitenkin sellainen, että irtoperunavarastossakaan alimmat perunat eivät pääse kärsimään happivajausta. Myös varastoilman suhteellisen kosteuden pitäminen korkeana edistää perunan pintahaavojen umpeutumista.
Lämpökäsittelyä ei saa tehdä tyvi- tai märkämädän saastuttamalle sadolle. Jos tällaista perunaa joudutaan varastoimaan, lämpötila lasketaan mahdollisimman nopeasti +4 °C:een. Kokonaisuuden kannalta olisi parasta, että tällaista satoa ei viedä lainkaan varastoon, vaan se markkinoidaan pois suoraan pellolta. Varastossa pilaantumisen uhan lisäksi tautisen erän lajittelu saastuttaa käsittelytilat ja -välineet.
Lämpökäsittelyn jälkeen perunavaraston nopeaan jäähdyttämiseen ei ole mitään välitöntä kiirettä. Perunan itämislepo alkaa purkautua vasta marras–joulukuussa, ja terveen perunasadon jäähdyttäminen lopulliseen noin +4 asteen varastolämpötilaan voidaan huoletta aloittaa vasta loka–marraskuun vaihteessa. Tuolloin yölämpötilat ovat yleensä jo riittävän matalia pudottamaan varaston lämpötilan hallitusti. Myös riskit äkillisten lämpöjaksojen aiheuttamiin varastojen lämpiämisiin ovat enää hyvin vähäisiä.
Perunasadon säilyvyydelle talven aikana alkutalven lämpöpiikit ovat huomattavasti tuhoisampia kuin varaston pitäminen lämpimänä pitkään ja hidas, tasainen lämpötilan pudottaminen. Lämpötilan voimakas vaihtelu varastossa lisää hengitystä, hiilidioksidin muodostumista, kondenssiveden syntymistä ja sokereiden muodostumista. Nämä puolestaan mm. lisäävät harmaahilsettä, heikentävät perunan sisäistä laatua ja murtavat itämislepoa.